ME-FA WE-FA ME-QA ME-QB ME-QC ME-QD WE-QA WE-QB MUA1 MUA2 WUA MUF1 MUF2 WUF MUB WUB ME-FB1 ME-FB2 ME-FB3 ME-FB4 WE-FB1 WE-FB2 Long1 Long2 Middle M35 M50 W50 N/G
| ME−QB - 2200m ↑135m |
| 1 | | 大西康平 | 0:22:03 | | 京都3 |
| 2 | | 鉾立裕樹 | 0:23:12 | | 東北4 |
| 3 | | 永井亮 | 0:23:37 | | 東北3 |
| 4 | | 吉岡慶祐 | 0:24:39 | | 名古屋2 |
| 5 | | 藤沼崇 | 0:24:42 | | 新潟3 |
| 6 | | 関谷茂樹 | 0:24:49 | | 東北4 |
| 7 | | 土肥雅人 | 0:24:51 | | 金沢4 |
| 8 | | 柴本浩児 | 0:25:50 | | 東京工業1 |
| 9 | | 土田智宏 | 0:25:51 | | 新潟3 |
| 10 | | 三上諒 | 0:25:54 | | 岩手4 |
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| 11 | | 登坂祥大 | 0:26:47 | | 慶應義塾3 |
| 12 | | 川添智由 | 0:27:12 | | 筑波2 |
| 13 | | 小林隆昭 | 0:28:16 | | 千葉4 |
| 14 | | 松井弘毅 | 0:28:31 | | 東京工業3 |
| 15 | | 北崎茂 | 0:28:42 | | 東京工業4 |
| 16 | | 小林知彦 | 0:28:43 | | 名古屋1 |
| 17 | | 西田剛志 | 0:28:48 | | 東京4 |
| 18 | | 堀田秀聡 | 0:29:13 | | 千葉2 |
| 19 | | 緑川拓也 | 0:30:05 | | 新潟2 |
| 20 | | 上野光 | 0:30:10 | | 東北2 |
| 21 | | 稲垣孝宣 | 0:30:24 | | 京都2 |
| 22 | | 吉田知峻 | 0:30:25 | | 東京2 |
| 23 | | 後藤陽一 | 0:30:30 | | 東北3 |
| 24 | | 大杉祥二 | 0:31:07 | | 筑波2 |
| 25 | | 厚主敏治 | 0:31:18 | | 図書館情報4 |
| 26 | | 濱崎嘉久 | 0:31:46 | | 静岡3 |
| 27 | | 羽賀岳尋 | 0:32:26 | | 東京工業3 |
| 28 | | 森広斗 | 0:32:45 | | 名古屋1 |
| 29 | | 平敷慶伍 | 0:35:43 | | 慶應義塾3 |
| 30 | | 西郷貴洋 | 0:35:47 | | 東京3 |
| 31 | | 舟根大輔 | 0:36:13 | | 茨城3 |
| 32 | | 谷直樹 | 0:36:21 | | 龍谷3 |
| 33 | | 分木優 | 0:36:38 | | 立命館3 |
| 34 | | 上城圭史 | 0:37:21 | | 立命館3 |
| 35 | | 尾崎健士 | 0:37:34 | | 千葉3 |
| 36 | | 早瀬悠 | 0:39:13 | | 茨城2 |
| 37 | | 景山健 | 0:40:42 | | 早稲田2 |
| 38 | | 高塚史明 | 0:40:44 | | 千葉3 |
| 39 | | 前田青 | 0:42:41 | | 東京4 |
| 40 | | 梅本匠 | 0:44:49 | | 京都橘1 |
| 41 | | 岩瀬祐介 | 0:48:29 | | 早稲田2 |
| 42 | | 下堂文寛 | 0:49:23 | | 京都橘1 |
| 43 | | 不破喬 | 0:55:30 | | 東京農工4 |
| | | 大橋憲昭 | 1:01:42 | | 茨城3 |
| | | 三上智 | DISQ | | 神戸3 |
| | | 太田恒平 | DISQ | | 東京3 |
| | | 村上諒一 | DISQ | | 東京工業4 |
| | | 及川弘文 | DISQ | | 岩手4 |