ME-FA WE-FA ME-QA ME-QB ME-QC ME-QD WE-QA WE-QB MUA1 MUA2 WUA MUF1 MUF2 WUF MUB WUB ME-FB1 ME-FB2 ME-FB3 ME-FB4 WE-FB1 WE-FB2 Long1 Long2 Middle M35 M50 W50 N/G
| ME−FA - 2900m ↑175m |
| 1 | | 大西康平 | 0:26:50 | | 京都3 |
| 2 | | 茂木尭彦 | 0:26:53 | | 東京2 |
| 3 | | 今井直樹 | 0:27:07 | | 早稲田4 |
| 4 | | 藤沼崇 | 0:27:20 | | 新潟3 |
| 5 | | 櫻木伸也 | 0:28:04 | | 静岡4 |
| 6 | | 平岡雅芸 | 0:28:16 | | 金沢4 |
| 7 | | 永井亮 | 0:29:02 | | 東北3 |
| 8 | | 小山温史 | 0:29:08 | | 東京工業2 |
| 9 | | 山崎貴彦 | 0:29:46 | | 東京3 |
| 10 | | 高田智実 | 0:29:56 | | 京都4 |
| 11 | | 鉾立裕樹 | 0:30:03 | | 東北4 |
| 12 | | 大塚紘史 | 0:30:18 | | 千葉4 |
| 13 | | 津國真敏 | 0:30:43 | | 京都3 |
| 14 | | 樽見典明 | 0:30:57 | | 名古屋4 |
| 14 | | 宮川純一 | 0:30:57 | | 筑波4 |
| 16 | | 高橋元気 | 0:31:31 | | 東北4 |
| 17 | | 高橋伸寧 | 0:32:18 | | 慶應義塾4 |
| 18 | | 青山弘毅 | 0:33:02 | | 筑波2 |
| 19 | | 佐藤啓史 | 0:33:36 | | 東京3 |
| 20 | | 杉山尚徳 | 0:33:39 | | 東北2 |
| 21 | | 村上巧 | 0:33:53 | | 東京工業2 |
| 22 | | 土肥雅人 | 0:34:15 | | 金沢4 |
| 23 | | 鎌田健太郎 | 0:34:51 | | 新潟4 |
| 24 | | 柴本浩児 | 0:35:12 | | 東京工業1 |
| 25 | | 小川圭介 | 0:35:41 | | 慶應義塾3 |
| 26 | | 室田知宏 | 0:35:59 | | 京都3 |
| 27 | | 真壁啓司 | 0:36:35 | | 慶應義塾3 |
| 28 | | 後藤大輔 | 0:38:03 | | 東北4 |
| 29 | | 田久保豊 | 0:38:05 | | 早稲田3 |
| 30 | | 高瀬悠太 | 0:38:20 | | 東京工業3 |
| 31 | | 長瀬裕樹 | 0:41:52 | | 東京3 |
| 32 | | 佐藤郷 | 0:42:03 | | 筑波4 |
| 33 | | 三上諒 | 0:43:05 | | 岩手4 |
| 34 | | 渡辺悠介 | 0:44:40 | | 東北3 |
| 35 | | 関谷茂樹 | 0:44:49 | | 東北4 |
| 36 | | 吉岡慶祐 | 0:46:06 | | 名古屋2 |
| 37 | | 足立恭兵 | 0:52:50 | | 慶應義塾2 |
| 38 | | 土田智宏 | 0:59:51 | | 新潟3 |
| | | 池陽平 | DISQ | | 北海道4 |
| | | 渡辺裕己 | DISQ | | 東京3 |