イラストレータ9でコース版（パープル）の下を透過して見せるのは、「透明度（不透明度）」という指定によるものであり、オーバープリントとは別物です。
透明にしたいレイヤーの、レイヤーアピアランスの透明を乗算にする。ことによって実現しています。
これを利用して、イラストレータ9を使用して混色の地図を作成する場合、以下のような使い分けをすると良いようです。
カラープリンタによる出力時：
透明の設定によりコース版の下を見せることができる。
透明にしたいレイヤーのレイヤーアピアランスの透明を
乗算にする。
オフセット印刷時：
通常通りオーバープリントの指定で対処。
透明を使うのではなく、オーバープリントプレビューを使っても混食できます。ただ、Postscriptプリンタでない場合、どうも色がおかしいことがあります。スポットカラー（特色）を使っているからかもしれません。おまけにビットマップに展開されるので非常に時間がかかります。
また、Postscriptプリンタでオーバープリントに対応していない機種でもIllstrator9から印刷した場合、オーバープリントが印刷時に再現されるようです。